（一）政治部
负责两级法院的思想政治工作和教育培训工作；负责两级法院系统的新闻宣传和记功奖励工作；管理基层法院领导班子；负责两级法院法官等级评定和两级法院司法警察警衔审核和呈报工作；协助机构编制部门管理两级法院机构编制；负责初任法官审查和呈报工作；指导法官协会工作；办理法官考评委员会会议决定事项；负责书记员管理工作；负责中级法院机关的干部人事管理工作；负责中级法院机关离退休干部管理工作。
政治部内设干部处、宣传教育处。
（二）办公室
协助院领导组织、协调、处理司法公务。负责院务会和院长办公会等重要会议的组织安排及决定事项的督办；负责财务、文秘、机要、保密、信息、接待、档案、车辆管理等工作；负责中级法院机关图书馆管理。
（三）立案庭
审查应由本院受理的民事纠纷、行政案件的起诉，决定立案或者裁定不予受理；审查应由本院受理的执行案件的申请，决定是否立案或裁定不予受理；对应由本院受理的刑事公诉案件进行立案登记；对应由本院受理的各类上诉（抗诉）案件审查立案；对应由本院受理的申诉、申请再审案件进行立案登记；对本院决定再审、上级法院指令再审和抗诉案件进行立案登记；负责应由本院依法受理的其他案件的立案工作。根据当事人申请，依法进行诉前财产、诉前证据保全及调解；对立案阶段提出的管辖异议案件进行审理裁决；审理不服管辖异议、不予受理、驳回起诉等上诉案件并作出裁决；核算当事人预交诉讼费用，办理缓、减、免诉讼费的审批手续；处理来信来访（其中，对本院正在审理的案件的来访，由有关审判庭接待处理）；对本院审理的各类案件进行审判流程管理，对审限（审理办案的期限）跟踪督办；负责有关法律文书的送达。监督指导下级法院的立案工作。
（四）刑事审判庭
依法审理应由中级法院管辖的危害国家安全案件、恐怖活动犯罪案件、可能判处无期死刑的普通刑事案件。外国人犯罪案件；辖区内有重大影响的犯罪案件；基层法院报请提高审级案件。依法审理不服基层法院一审刑事判决、裁定的上诉案件以及检察院抗诉的案件；监督、指导基层法院开展少年犯罪案件的审判工作；监督指导基层法院的刑事审判工作。
（五）民事审判庭
依法审理应由中级法院管辖的第一、二审婚姻、家庭、人身权利及相关财产权和公民之间、公民与法人之间劳动争议、债务、房地产及相关合同等的纠纷案件；指导法庭工作；监督、指导基层法院上述民事案件的审判工作。依法审理应由中级法院审理的第二审法人之间、法人与其他组织之间，以及其他组织之间的各类合同纠纷案件、侵权纠纷案件和涉及公司、证券、期货、票据、金融、保险等方面商事纠纷案件。依法审理应由中级法院审理的第二审法人之间、法人与其他组织之间，以及其他组织之间的各类合同纠纷案件、侵权纠纷案件和涉及公司、证券、期货、票据、金融、保险等方面商事纠纷案件；审理新型案件；监督、指导基层法院上述民事案件的审判工作。
（六）行政审判庭（赔偿委员会）
依法审理应由中级法院管辖的第一、二审行政案件；审理不服基层法院生效裁判的行政审判监督案件；审查行政机关申请强制执行案件；办理行政赔偿案件和违法确认案件；监督、指导基层法院行政案件的审判工作。
（七）审判监督庭
依法审理不服中级法院和基层法院民事生效裁判的申请再审案件并审查民事、行政申诉案件；监督指导基层法院审判监督工作。依法审理上级法院指定再审的刑事、民事和行政案件；审理同级检察院抗诉的再审案件；审理不服中级法院和基层法院刑事生效裁判的申诉案件及减刑假释案件；负责对基层法院上述案件的监督指导工作。
(八) 执行局
依法执行由中级法院一审的生效判决、裁定及调解协议中关于财产的决定；执行法律规定由中级法院执行的其他法律文书；统一领导两级法院的执行工作并检查、监督完成情况；统一办理两级法院案件的委托执行和提级执行，接受外地法院案件的受委托执行；协调本地区内和本地区与外地法院之间的执行案件争议；处理执行工作请示等事宜。负责执行异议案件的审查工作；监督指导基层法院执行复议工作。
执行局内设执行一处、执行二处。
（九）研究室（审判管理办公室）
研究审判工作中的法律政策问题，提出解决问题的办法和意见；办理具体适用法律政策问题的请示、批复、答复；调查了解审判工作中执行法律政策的情况，总结审判工作经验；起草重要文件、院长讲话等文稿；负责两级法院审判改革的调研和指导工作；负责两级法院综合治理工作；指导基层法院法律政策研究工作；主办和编发相关刊物；负责院志编撰和修改工作。负责制定和完善本院审判管理规章制度；负责案件流程管理的指导、监督和检查；向院长、审判委员会报告审判管理工作；监督各审执部门落实审判管理责任，落实责任追究制度，提高案件质量、效率和效果；负责审判委员会日常工作；负责法官评议委员会日常工作；负责两级法院质效评估工作；负责两级法院司法统计工作；负责司法公开平台建设与内容的更新和维护管理；负责吉林电子法院建设的协调沟通工作；处理院长和审判委员会交办的其它工作。
（十）司法警察支队
负责司法警察警务工作；警卫法庭、押解人犯、协助送达有关法律文书；执行死刑；配合有关案件执行工作；负责中级法院机关的安全保卫工作；指导基层法院司法警察队伍的业务培训；领导、协调基层法院的司法警察工作。
（十一）技术处（司法技术辅助办公室）
负责中级法院机关计算机网络的开发、联网及管理工作；负责中级法院机关通讯管理及设备维修、保养工作；负责两级法院通讯网络规划、建设及维护工作，负责与上级法院计算机联网及通讯保障工作；负责两级法院计算机局域网及专线通讯管理工作；负责两级法院计算机网络开发及管理人员的业务培训和两级法院通讯人员的业务培训；指导、协调两级法院的有关技术工作。负责本院审理的刑事案件的法医技术鉴定；受理基层法院委托的法医技术鉴定；受理并审查辖区内两级法院审理的刑事、民事、行政、执行案件中委托的证据鉴定。
（十二）直属机关党委
负责中级法院机关党务工作；负责中级法院机关政治理论学习、思想教育、党的组织建设、党员的管理和监督工作；负责中级法院机关的精神文明建设工作；组织开展中级法院机关文体活动；指导中级法院机关共青团和妇委会工作。
（十三）督察室
主管两级法院的监察工作；监督检查两级法院及其工作人员执行国家法律、法规、政策及工作纪律情况；受理两级法院工作人员违纪行为的检举、控告；受理两级法院工作人员不服政纪处分的申诉；调查处理两级法院及其工作人员的违纪事项；对中级法院机关财务管理等方面进行监督检查；领导、监督基层法院的监察工作。负责两级法院违法审判责任追究工作；调查处理中级法院审判人员违法审判案件；对审判工作中的执法情况进行监督检查；负责领导机关交办案件的督办工作；负责院务会和院长办公会等重要会议的决定事项的督办。